Ačkoli jsou misky zdravotně nezávadné a všechny tyto výrobky podléhají schvalovacímu řízení a přidělení certifikátu, neměli bychom zapomínat na určitá pravidla, aby klíčení semínek přinášelo skutečný užitek. Přece jen se jedná o práci s potravinami, a jelikož jsou semínka vystavena působení vlhkosti, musíme dbát na čistotu a alespoň základní hygienické zásady.
Z odkapávací misky vylévejte vždy vodu ihned – někdy se stává, že skrze ventil neodteče všechna tekutina při proplachování, v takovém případě stačí soustavu misek k lehce naklopit směrem k ventilu a počkat, až odteče. Nikdy však přebytečnou vodu v odkapávací misce nenechávejte a vždy ji ihned po ukončení proplachování vylévejte. Příliš mnoho vlhkosti a vody totiž může přivodit vznik a množení plísní a bakterií.
Proplachování semínek provádějte 2 x nebo 3 x za den – čistá voda je vždy zárukou i čistoty samotných klíčků, zabráníte tím jejich plesnivění. Důležité je také mít nakličovací misky umístěné v suché a dobře větrané místnosti s optimální vlhkostí vzduchu, tedy nikoli např. ve vlhkém sklepě. Nezapomínejte, že rostlinky rovněž přijímají velmi ochotně cizí pachy, proto je neumísťujeme do blízkosti aromatických plodin (např. nakrájené cibule, zázvoru, hořčice, skořice atp.) a samozřejmě ani tam, kde mohou být v kontaktu s pachy barev a ředidel (acetonu atd.)
Některé druhy můžete předem namáčet – u větších druhů luštěnin nebo obilovin (cizrny, hrachu, fazolí adzuki, ječmene, žita a pšenice) bychom mohli zkusit jejich prvotní namáčení do studené vody přes noc. Tím se aktivuje klíčící proces a celá jeho další fáze se významně urychlí. U nakličovacích misek a sklenic to však není podmínkou, vyklíčí i tehdy, pokud je nenamočíte.
Klíčení malých semínek – některá drobná zrnka semen zelených rostlin se v průběhu klíčení obalují ochranným slizem. Ten však brání odtékání vody z ventilů biomisky Naklíčeno.cz, proto bychom je neměli nechat klíčit s jinými druhy semen, ale pokud možno samostatně jen v jedné misce.